ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดมุกดาหารมีหน่วยบริการทั้งหมด 7 อำเภอ ดังนี้

1. หน่วยบริการอำเภอเมืองมุกดาหาร
2. หน่วยบริการอำเภอคำชะอี
3. หน่วยบริการอำเภอนิคมคำสร้อย
4. หน่วยบริการอำเภอดงหลวง
5. หน่วยบริการอำเภอหว้านใหญ่
6. หน่วยบริการอำเภอดอนตาล
7. หน่วยบริการอำเภอหนองสูง